Theo đại diện Chi cục Thú y tại một số địa phương, việc kiểm soát dịch bệnh trên thủy sản vẫn có những tồn tại nhất định, việc phối hợp giữa các đơn vị còn lỏng lẻo; công tác kiểm soát chất lượng vật tư đầu vào trong sản xuất còn nhiều khó khăn. Vấn đề sản phẩm nhiễm tạp chất vẫn còn tồn đọng, ảnh hưởng không nhỏ đến sản xuất và tiêu thụ nhất là tại các thị trường khó tính như Mỹ, EU, Nhật Bản… Mặt khác, dù đã có nhiều văn bản chỉ đạo, hướng dẫn các địa phương xây dựng và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt, cấp kinh phí phòng chống dịch bệnh nhưng có rất ít kế hoạch được cấp kinh phí hoặc chưa chủ động vẫn lệ thuộc vào sự hỗ trợ của Trung ương.

Trong năm 2016, Cục Thú y đã chủ động tham mưu kịp thời để Bộ NN&PTNT ban hành nhiều văn bản chỉ đạo hướng dẫn công tác phòng chống dịch bệnh thủy sản. Đến nay, cả nước có 45 tỉnh, thành phố xây dựng và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch phòng chống dịch bệnh năm 2016. Trong đó, 30 địa phương được bố trí tổng kinh phí tới 42 tỷ đồng; cùng đó, Bộ NN&PTNT cũng có văn bản gửi UBND các tỉnh, thành phố xây dựng kế hoạch và bố trí kinh phí phòng, chống dịch bệnh thủy sản cho năm 2017. Ngoài ra, Cục Thú y cũng chủ động giám sát dịch bệnh trên tôm nước lợ; triển khai phòng, chống dịch bệnh trên cá tra tại Bến Tre, An Giang, Đồng Tháp và báo cáo Bộ NN&PTNT để trình Chính phủ cấp phát 510 tấn hóa chất phòng chống dịch bệnh thủy sản tại 15 tỉnh, thành phố trong cả nước. Cùng đó, thực hiện xây dựng vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh; kiểm dịch vận chuyển động vật thủy sản.

Tại các địa phương, việc phòng trừ dịch bệnh cũng được chú trọng, như tại Bình Thuận đã ban hành kế hoạch phòng, chống dịch bệnh động vật thủy sản trên địa bàn tỉnh năm 2017. Mục tiêu hướng dẫn người nuôi thủy sản biện pháp ngăn ngừa dịch bệnh xảy ra, tổ chức giám sát chặt chẽ tình hình, kiểm tra, phát hiện kịp thời các ổ dịch bệnh động vật thủy sản (nếu có), chủ động triển khai nhanh chóng công tác chống dịch bệnh động vật thủy sản khi có dịch bệnh xảy ra.